呼伦贝尔市水资源总量338亿立方米，其中地表水272亿立方米。可利用水能资源装机总量150万千瓦。境内有额尔古纳河及嫩江两个水系计3000多条河流，500个湖泊。呼伦湖(达赉湖)面积2315平方公里，年产鱼类近万吨；贝尔湖是中蒙界湖，年产水产品1500吨左右。还有维纳河、神泉山、灵泉等丰富的矿泉水资源。